Le Programme de troisième cycle en Physique (PPGF) de l'UFPI a débuté ses activités en 2008 avec le Master. Depuis, la production scientifique a atteint un niveau d'excellence et le programme a formé un nombre important de titulaires de master, avec une infrastructure nettement améliorée.

Le cursus a obtenu la note 4 lors de l'évaluation quadriennale de 2017 puis, plus récemment, la note 5 de la CAPES. Fin 2018, le PPGF a vu son APCN de doctorat approuvé et a démarré avec sa première promotion en 2019.1.